Armure ultime de X :
Tout d'abord, récupérez la clé Tianna pour ouvrir la porte verrouillée du camp Tianna. Ensuite, rendez-vous à cette porte et ouvrez-la. À l'intérieur, vous affronterez un boss accompagné de deux Belladonnas. Battez-les puis, une fois le combat terminé, brisez le cristal rouge pour obtenir l'Hyper Mode de l'armure ultime de X.

Bonus de fin de jeu (Gamecube) :

Jouer avec Mega Man Classic

Terminez le jeu, mettez en surbrillance l'option "Continue" et faites : gauche, gauche, droite, droite, gauche, droite, droite, gauche, gauche, start. L'option va virer au bleu et vous pourrez jouer avec Mega Man tel qu'il était dans la version originale.

Jouer avec Proto Man

Terminez le jeu avec Zero, mettez en surbrillance l'option "Continue" et faites : gauche, droite, droite, gauche, gauche, gauche, droite, start.

Mode difficile

Terminez le jeu avec Zero, mettez en surbrillance l'option "New game" et faites : droite, droite, droite, gauche, gauche, droite, start.

Boss, ennemis et récompenses optionnels :
Rafflesian (accompagné de deux Belldonnas)
Niveau : 77
LE : 31 500
Puissance : 115
Armure : 75
Bouclier : 65
Vitesse : 70
Dégâts de feu : 100 %
Dégâts d'eau : 100 %
Dégâts de foudre : 100 %
Récompenses : 10 000 Zenny, 22 000 points d'expérience, 3 000 FME
Objets obtenus : Pièces de tank (100 %), Jeton de figurine (100 %), Armure ultime de X (dans la pièce)
Objets à voler : Build LE, Force Tomahawk (25 % chacun). Remarque : Restaure des LE et gagne un peu en puissance à chaque tour. 
Emplacement : Camp Tianna ; nécessite la Clé Tianna (obtenue via les déploiements).

Belldonnas :
Niveau : 44
LE : 20 500
Puissance : 115
Armure : 60
Bouclier : 60
Vitesse : 100
Récompenses : 2 000 Zenny, 4 000 points d'expérience, 600 FME
Objets obtenus : Turbo Clock, Resist (100 % chacun)
Objets à voler : Force Missiles, Build Speed ​​(25 % chacun). Remarque : Restaure des LE à chaque tour et augmente sa puissance d'attaque à chaque fois qu'il est attaqué. 
Emplacement : Avec Rafflesian

Duckbill Mole :
Emplacement : Usine de minerai de Melda ; nécessite la Clé Melda (obtenue via un déploiement). Remarque : Le mode Extra Hyper de Zero se trouve dans la pièce.

Onetail :
Emplacement : Puits du 999e étage de la Tour centrale ; nécessite la Clé centrale (obtenue après avoir terminé le chapitre 10). Remarque : Restaure environ 10 000 à 20 000 LE à chaque tour.

Twotails :
Emplacement : Pièce après Onetail. Remarque : Il peut y en avoir deux. Changeur d'élément ; utilisation d'Analyzer et de Force Metal recommandée.

Threetails :
Emplacement : Pièce après Twotails. Fourtails :
Objet obtenu : Sabre Lotus Rouge de Zero (sa meilleure arme)
Emplacement : Salle située après Threetails. Remarque : Possède une puissance extrême et la même défense que Scarface.

Fivetails :
Emplacement : Salle située après Fourtails ; ils apparaissent par groupe de trois. Remarque : Attention à leur capacité d'autodestruction.

Sixtails :
Emplacement : Salle située après Fivetails. Remarque : Doit être vaincu avant le dixième tour, moment où il récupère tous ses PV.

Seventails :
Emplacement : Salle située après Sixtails. Remarque : Ils sont deux. Ils récupèrent des PV à chaque tour et gagnent en puissance à chaque fois qu'ils sont attaqués.

Eighttails :
Emplacement : Salle située après Seventails. Remarque : Ils sont deux et disposent d'une gamme complète d'attaques élémentaires. Lorsque l'un est vaincu, celui qui reste en invoque un autre. Après avoir vaincu Eighttails, la salle suivante contient un jeton de figurine spécial. Veillez à soigner votre équipe et à sauvegarder avant le prochain combat.

Ninetails :
PV : 92 500
Puissance : 400
Armure : 90
Bouclier : 95
Vitesse : 140
Objets obtenus : Brin d'ADN pour Axl et son arme « Ancient Gun »
Emplacement : Une ou deux salles après Eighttails. Remarque : Utilise parfois la Régénération pour récupérer 25 % des PV de votre équipe. Attention à l'attaque « Nine Fragments » : elle frappe neuf fois et inflige entre 699 et 999 points de dégâts à chaque coup. Il récupère également plus de 10 000 PV à chaque tour.

Brins d'ADN d'Axl :
Wild Jango : Battez-le dans la Tour centrale (Chapitre 2).
Silver Horn : Battez-le au camp de Tianna (Chapitre 3).
Mad Nautilus : Battez-le dans le laboratoire de Gaudile (Chapitre 4).
Mach Jentra : Battez-le à l'usine Ulfat (Chapitre 5).
Incentas : Battez-le dans la mine de Gimiala (Chapitre 6).
Depth Dragoon : Battez-le au QG d'Extrême-Orient (Chapitre 10).
Raflesian : Battez-la au camp de Tianna en utilisant des Mechaniloids pour obtenir la clé de Tianna. 
Ninetails : Battez-le dans la Tour centrale une fois que vous possédez la clé centrale. Remarque : pour obtenir la clé centrale, vous devez terminer le jeu.

Clé des ruines de Lagrano :
Pour obtenir la clé des ruines de Lagrano, vous devez utiliser le Centre de déploiement. Continuez à déployer vos robots jusqu'à ce qu'ils trouvent la clé. Après quelques tentatives, elle apparaîtra dans la liste sur le côté droit de l'écran lorsque vous consulterez les rapports des robots de retour. Une fois la porte des ruines de Lagrano franchie, vous découvrirez une boutique secrète proposant des objets, du Force Metal et des armes. Par ailleurs, une fois que vous avez la possibilité de déployer des robots, prenez le temps de les faire monter en niveau. Envoyez vos meilleurs robots explorer les ruines de Lagrano ; après quelques fouilles, vous obtiendrez la clé de Lagrano. Cherchez une porte verrouillée ; derrière celle-ci, vous trouverez un escalier à monter. Récupérez les objets ainsi que le robot qui s'y trouvent. Une fois arrivé en haut, vous rencontrerez trois personnages. Vous pourrez y acheter certaines des meilleures armes, objets et pièces de Force Metal, mais il vous faudra une grande quantité de Zenny pour profiter pleinement de cette visite.

Défis et récompenses :
Acheter 100 objets : Esquisse « Salle du tronc d'arbre »
Acheter plus de quarante armes principales : Esquisse « Nana »
Livrer plus de 100 combats : Esquisse « Mech souris »
Livrer plus de 500 combats : Écharpe jaune
Jouer pendant 25 heures : Esquisse « Force Metals »
Réaliser plus de 100 coups critiques : Esquisse « X (version Ninja) »
Activer plus de 100 attaques finales : Figurines « Mech rétro »
Sauvegarder 50 fois : Esquisse « Processus de sauvegarde »
Vaincre plus de 100 Enigmas : Figurines spéciales « Preon »
Vaincre plus de 100 Mettaurs : Figurines spéciales « Mettaur »
Vaincre plus de 100 ennemis de type Preon : Esquisse « Armée Preon »
Vaincre plus de 100 ennemis : Figurines spéciales « Preon »
Vaincre plus de 500 ennemis : Figurines spéciales « Preon 2 »
Vaincre plus de 1 000 ennemis : Figurines spéciales « Preon 3 »
Atteindre le niveau 30 avec X : Esquisse « Mecha de soutien »
Obtenir 50 recettes de Force Metal : Minerai de Force Metal
Réaliser plus de 100 coups critiques : Esquisse « X (version Ninja) »
Enchaîner plus de 150 coups : Esquisse « Armure de X »
Obtenir plus de 10 000 points d'expérience : Esquisse « Rideau d'eau »
Obtenir plus de 50 recettes de Force Metal : Esquisse « Minerai de Force Metal »
Dépenser plus de 100 000 Zenny : Esquisse « Téléporteur »
Gagner plus de 100 000 points d'expérience : Figurines « Mini Mech »
Utiliser plus de 100 000 FME dans le générateur : Esquisse « Le secret de Cinnamon »
Atteindre une attaque maximale supérieure à 9 999 : Esquisse « Armes de X »
Jouer au jeu pendant 10 heures : Esquisse « Justice »
Parler aux passants plus de 100 fois : Esquisse « Armada en essaim »
Utiliser un Action Trigger plus de 100 fois : Esquisse « X (version volante) »
Déployer des Mechaniloids plus de 50 fois : Musique « Trajectoire de combat 2 »
Réaliser une attaque infligeant plus de 9 999 dégâts : Esquisse « Armes »
Terminer la récupération après déploiement : Esquisse « Base des Hunters »
Compléter les séries de figurines 1 à 10 : « Le trio mortel ! » Croquis
Terminer le jeu : Vidéo de l'affrontement final
Récupérer tous les jetons de figurine : Croquis du passage vitré
Récupérer tous les croquis : Écharpe violette
Récupérer les dix affiches : Croquis du Proto Crab Mech
Récupérer tous les objets de terrain : Croquis de Mega Man
Récupérer tous les fichiers de musique de fond : Croquis de la taupe à bec de canard
Récupérer toutes les séquences vidéo : Croquis de la Rafflésienne
Récupérer tous les fichiers disque : Croquis du Dr Psyche
Récupérer tous les Mechaniloids : Croquis de Giga City

Figurines :
Rendez-vous au distributeur de figurines situé dans le tunnel d'accès E-1. Saisissez l'un des mots de passe suivants dans l'emplacement prévu à cet effet pour obtenir la figurine correspondante :
Axl : 38184155
Axl (pose de transformation ADN) : 91327856
Cinnamon : 92106548
Cinnamon (Iron Maiden) : 19837556
Marino : 02098772
Marino (Quicksilver) : 87352041
Massimo (Dymonion) : 47722361
Megaman X : 73001472
Megaman X (pose de victoire) : 44162918
X-Armor : 19690831
Zero : 29290141
Zero (Black) : 72443102

Jouer avec Mega Man Classic (PS2) :

Terminez le jeu, puis placez-vous sur "Continue" et faites : Gauche, Gauche, Droite, Droite, Gauche, Droite, Droite, Gauche, Gauche et Start. La couleur deviendra bleue et vous pourrez jouer avec le Mega Man original.

Jouer avec Proto Man (PS2) :

Terminez le jeu avec Zero, puis placez-vous sur "Continue" et faites : Gauche, Droite, Droite, Gauche, Gauche, Gauche, Droite et Start. La couleur deviendra rouge et vous pourrez jouer avec Proto Man.

Mode Hyper « Absolute Zero » :
Tout d'abord, terminez le chapitre 8. Ensuite, déployez à plusieurs reprises des unités judicieusement choisies à l'usine de minerai de Melda pour obtenir la clé de Melda. Une fois la clé en votre possession, rendez-vous à l'usine et ouvrez la porte qui était auparavant verrouillée (après vous y être téléporté, entrez dans l'usine et franchissez cette porte au lieu de prendre le premier ascenseur). Progressez dans la nouvelle zone jusqu'à rencontrer un ennemi ressemblant à un canard. Battez-le et brisez le cristal violet situé derrière lui pour obtenir le mode Hyper « Absolute Zero ». Vaincre cet ennemi ne devrait pas poser trop de problèmes : continuez simplement à utiliser les modes Hyper et les « Action Triggers » actuels de X et Zero, tout en veillant à ne pas l'attaquer avec un élément qu'il absorbe à ce moment-là (un message s'affichera en haut de l'écran chaque fois que l'élément qu'il absorbe changera). Vaincre cet adversaire est bien plus facile que de battre celui qui garde le second mode Hyper de X.

Vaincre l'Infirmière Préon :
Localisez une Infirmière Préon dans n'importe quelle unité. Éliminez tous les ennemis sauf elle. Une fois qu'elle est la seule restante, volez-lui ses objets « Reboot » et « Tank Energy 10 ». En attendant son tour, continuez à l'attaquer avec des techniques « Zenny+ ». Après son premier tour, elle déclarera se rendre et utilisera « All Life 25 » sur votre équipe. Éliminez-la ensuite pour récupérer le bonus Zenny que vous aviez appliqué, avant qu'elle ne puisse attaquer à nouveau. Si vous ne la détruisez pas après qu'elle vous a soigné, elle utilisera une attaque nommée « Then Thanks » et s'enfuira sans rien vous laisser.

Vaincre les boss :
Sauvegardez la partie avant d'affronter un boss et retournez à la Hunter Base pour recharger vos Sub-Tanks et votre LE. Utilisez l'Analyseur pour découvrir leurs points faibles et infliger ainsi des dégâts doublés. Une équipe de départ recommandée est composée de X, Cinnamon et Zero, ou bien de Marino, X et Zero. Le feu est faible face à l'eau/la glace. L'eau/la glace est faible face à la foudre. La foudre est faible face au feu.